Auf den ersten Blick scheinen kompostierbare Biomüllbeutel nur Vorteile zu bieten. Sie ermöglichen daheim im Haushalt eine hygienische Sammlung der feuchten Küchenabfälle und lassen sich zugebunden leicht in die braune Tonne werfen, ohne dass man sich schmutzig machen muss. Doch bei der Verwertung beginnen die Probleme.
Während Hersteller der Biomüllbeutel ihre Beutel bewerben, lehnt die überwiegende Mehrzahl der Betreiber von Kompost- und Vergärungsanlagen in Deutschland deren Einsatz bei der Bioabfallsammlung ab. Aus diesem Grund schließen auch die allermeisten Kommunen kompostierbare Biomüllbeutel von der Verwendung in der Biotonne aus.
Zum Teil werden die kompostierbaren Biomüllbeutel an Kompostier- und Vergärungsanlagen im Zuge der Vorsortierung bereits ausgesondert, da man sie im großen Bioabfallhaufen aufgrund der starken Verschmutzung praktisch nicht von normalen Plastiktüten unterscheiden kann. Die Biomüllbeutel landen dann samt Inhalt, also den Bioabfällen, in der Müllverbrennung. Verbleiben sie im Verwertungskreislauf, zersetzen sie sich viel zu langsam.